Jean-François Zygel occupe une position tout à fait singulière dans la création musicale française. Ses œuvres des années 1980 et du début des années 1990 (Hommage à Pablo Casals, Expérience de la lumière) sont proches de certains compositeurs américains, comme Steve Reich et John Adams. Son triptyque symphonique La Ville révèle une écriture contrastée et d’une forte portée dramatique. Plus récemment, Jean-François Zygel s’est orienté vers des textures polyphoniques et polyrythmiques plus étoffées, où l’on peut déceler son attirance pour les compositeurs anglais des 16e et 17e siècles (nonette Málaga, 2000). Son intérêt pour la cantillation hébraïque (deux de ses arrière-grands-pères étaient hazzanim en Pologne3) transparaît dans ses Chants juifs pour violoncelle et piano, partition basée à la fois sur des motifs préexistants et sur des éléments mélodiques librement inspirés de sources traditionnelles, ainsi que dans plusieurs œuvres comme Mélodie pour violon seul, Vous avez blessé mon cœur (d’après le Cantique des cantiques) pour soprano, ténor et piano, ou le plus récent Kaddish (2019) pour seize voix mixtes a cappella.
D’autres aspects de son activité contribuent à différencier fortement son attitude de celle de la plupart des compositeurs de sa génération, en particulier le fait de considérer le concert comme une forme de spectacle. Il accorde également une grande importance aux possibilités de frayer des passages entre les genres, savants et populaires, ainsi qu’entre les différentes disciplines artistiques, comme par exemple le cinéma muet, l’une de ses passions.
Familier de l’accompagnement de films en concert, Jean-François Zygel compose une musique originale pour le Nana de Jean Renoir (commande du musée du Louvre en 1986).